1991年，德甲联赛首次实行“黄红牌”制度——一场比赛中连续领到两张黄牌的球员将被出示红牌并被罚下场。斯特凡·埃芬博格是第一个有幸看到这个所谓“红绿灯标志”的德甲球员。 1992年，比赛规则中引入了一项新规则：守门员不再允许用手接住本队队员用脚回传的球。本赛季，德甲联赛首次实行三队升降级制度。 1995年，德甲联赛实行三分制胜。每场比赛最多可以进行3次换人，球员的球衣背面必须印有固定的号码和名字。
20世纪90年代也是德甲联赛日益“对外开放”的时代。 1992/93赛季，每队外籍球员的限制增加到三人。从1996/97赛季开始，德甲不再限制球队中来自欧足联成员国的球员人数。
20世纪90年代的德甲联赛，无论是争冠大战还是保级大战都变得更加激烈和戏剧化。 1990年代的五届德甲冠军均在最后一个比赛日决出。上一场比赛终场哨响时，三支球队仍处于降级位置，但终场哨响后，他们险些保级。命运。
拜仁慕尼黑在1990年代获得了四次冠军，仍然是德甲顶级球队，但地位并不像1970年代和1980年代那么稳定。 “红魔”凯泽斯劳滕在1990年代两次获得德甲冠军，一次是1991年，一次是1998年。“红魔”的第二个德甲冠军也是“奥托皇帝”的——这是里哈格尔历史上前无古人后无来者的奇迹。德甲——升班马夺得冠军。 1995/96赛季，受拜仁邀请的里哈格尔在赛季末被贝肯鲍尔无情驱逐；而也正是在这个赛季，凯泽斯劳滕降级至德甲2。此后，里哈格尔为凯泽斯劳滕打拼了一年，带领“红魔”重返德甲。他们主客场两次击败拜仁，最终压制拜仁夺得赛季冠军，书写了升班马夺冠的神话。在衷心道歉后，里哈格尔告诉贝肯鲍尔不要太残忍。
斯图加特在1991/92赛季赢得了俱乐部第一个也是唯一一个德甲冠军，其主教练是克里斯托夫·道姆，一个在德国足坛兴衰的人。然而，夺得冠军的斯图加特队并不是最好的斯图加特队。 1996/97赛季，由巴拉科夫、博比奇和埃尔伯组成的斯图加特“魔力三角”耀眼夺目。如此优美、奔放的足球，此后在德甲联赛中很少出现。
1990年代，在希斯菲尔德的带领下，多特蒙德连续两届德甲冠军，还获得了欧洲职业足球的最高荣誉——欧洲冠军杯。希斯菲尔德从此成为德国第一教练。
1990年代后半段，勒沃库森三度追赶拜仁都没能，因此他被授予了“永远第二”这个略带苦涩和嘲讽的称号。这一切都归功于克里斯托夫·道姆。自1996年执教勒沃库森以来，德甲冠军争夺战变得更加惊心动魄，德甲联赛变得更加激情，而他本人似乎也注定成为剧中的悲剧英雄。 。德甲进入21世纪的第一年，被指定为国家队主帅的道姆就卷入了毒品丑闻。
20世纪90年代最后一个赛季，拜仁实力强劲，在德甲几乎所向无敌。最终以高出第二名15分的成绩夺得20世纪最后一个德甲冠军。
从80年代中后期到90年代，德国足球仍然是世界足坛最强的球队，赢得了1990年世界杯和1996年欧洲杯冠军。两支国家队的成员，如马特乌斯、克林斯曼、沃勒尔、科勒、布雷默、哈斯勒、萨默尔、比埃尔霍夫、埃芬博格夫等人都已经成为欧洲足坛的一代巨星，他的星光闪耀在德甲联赛中。
