08/09赛季切尔西再度发生变动，斯科拉里将自己最喜欢的德科带到了斯坦福桥。但这并未动摇德国人首发位置，伤病却成了他最大的敌人。在英超首轮4-0大胜朴茨茅斯的比赛中，巴拉克在第38分钟受伤离场。虽然他在英超第二轮带伤打满全场，但这也加重了他的伤势。巴拉克因此缺席了英超第三轮、第四轮以及两场国家队世界杯预选赛。
9月16日，巴拉克在欧冠首轮对阵波尔多的比赛中替补出场。但好景不长，10月11日，在对阵俄罗斯的世界杯预选赛中，虽然巴拉克打进一球帮助球队2：1战胜对手，但右小腿再次受伤。虽然他坚持参加了15日对阵威尔士的比赛，但伤势的加重还是让他缺席了10月份的剩余比赛以及11月初的几场比赛。
正是在这期间，巴拉克在国家队的地位开始发生微妙的变化。由于不满好友弗林斯在国家队比赛时坐在替补席上，巴拉克在接受媒体采访时直接批评了主教练。此外，他和球队领队比埃尔霍夫相处得也不融洽。一时间，有传言称巴拉克将被剥夺队长袖标、开除出国家队。虽然在德国足坛各方压力下，此事以两人和解而告终，但恩怨却无法轻易消除，德国队内部的暗流并未停息。
2009年4月1日，在世界杯预选赛客场2：0战胜威尔士的比赛中，巴拉克为球队攻入首粒进球。但赢得比赛后的巴拉克却一点也不开心。比赛进行到第73分钟，波多尔斯基违反战术的随意踢法，激起了队长巴拉克的不满。结果，波多尔斯基也不甘示弱，直接与巴拉克吵了起来，甚至当众打了巴拉克一巴掌。
让人有些意外的是德国足协对此事的处理方式。面对如此恶劣的事件，波多尔斯基竟然没有受到处罚，两人最终和解。这样的处理方式显然在削弱巴拉克的权威，巴拉克在国家队的日子也越来越难过了。
继国家队表现不佳之后，巴拉克回到俱乐部也遭遇了不顺。由于球队成绩不佳，斯科拉里被解雇，希丁克成为临时主帅。不得不说，这位神奇教练还是相当有能力的。在他的带领下，切尔西的成绩有所回升，他们顺利进入了欧冠半决赛。但2009年5月6日主场对阵巴塞罗那的半决赛第二回合，让包括巴拉克在内的所有蓝军球员都怒不可遏。裁判赫宁的“精彩表现”让蓝军在斯坦福桥遭受不公平待遇，最终止步于半决赛。巴拉克怒吼追赶赫宁要求解释的场景也成为了这场比赛的经典镜头。
本赛季巴拉克代表切尔西出场46次，打进4球并贡献6次助攻，虽然未能夺得欧冠和英超冠军，但足总杯的胜利还是让巴拉克心里稍稍松了一口气。
2009/10赛季，切尔西迎来了新主帅安切洛蒂。在安切洛蒂的带领下，切尔西焕发新生，先是在社区盾杯中点球战胜曼联，夺得冠军，随后又成功登顶英超，时隔三个赛季后再次夺得英超冠军。巴拉克本赛季出场45次，打进5球，助攻8次，在蓝军的第四个年头，终于夺得了英超冠军。
那一年的5月15日，巴拉克还剩下一个荣誉要争取，那就是足总杯冠军，但这一天却成了巴拉克的噩梦。比赛第44分钟，博阿滕的一次野蛮犯规直接导致巴拉克重伤离场。由于伤势过重，巴拉克将无缘那年在南非举行的世界杯。
这次重伤也结束了巴拉克的切尔西生涯，他与切尔西的合同在2010年夏天到期，双方没有完成续约。经过一番思考，巴拉克决定重返德甲加盟勒沃库森。虽然已经34岁了，巴拉克依然想干一番大事，但现实很残酷。首先就是德国队队长之争。巴拉克的受伤让拉姆成为了南非世界杯德国队的队长，按照巴拉克的想法，拉姆只是临时队长，等他身体康复之后就应该归还队长袖标。但拉姆却拒绝归还队长袖标，勒夫和德国足协也支持拉姆的举动，因为巴拉克此时已经不再受到重用。在南非世界杯没有巴拉克的情况下，德国队掀起了青春风暴，交出了一份不错的答卷。这让原本和巴拉克关系并不好的人有了拿下巴拉克的信心。此后，巴拉克再也没有代表国家队出场，国家队数据仍为98场比赛、42个进球、19次助攻。
不知道是因为队长之争的失利让巴拉克受到了很大的打击，还是因为长期的伤病让巴拉克的身体已经无法再承受重担，巴拉克在回到勒沃库森之后的表现更是断崖式下降。10/11赛季，巴拉克各项赛事出场20次，只打进2球助攻1次，其中德甲出场17次（1.346分钟），助攻只有1次。11/12赛季，巴拉克出场25次（1.707分钟），打进3球助攻3次，其中德甲出场18次，进球2个，助攻1次。
与勒沃库森合同到期后，巴拉克成为自由球员，2012年10月2日，36岁的巴拉克宣布退役。
