哈维尔·埃尔南德斯7岁开始踢足球，15岁加入家乡的瓜达拉哈拉青年队开始训练。2005-06赛季，埃尔南德斯加入瓜达拉哈拉成人队。
2006年春季联赛，在瓜达拉哈拉对阵内卡萨的比赛中，埃尔南德斯首次获得一线队出场机会。当时，埃尔南德斯在第82分钟替补奥马尔·布拉沃出场，并在5分钟后攻入一球，将比分改写为4-0。这是他第一次在一线队进球。这粒进球也是埃尔南德斯在2006-07赛季的唯一进球。
2007-08赛季，埃尔南德斯未能在一线队取得进球，经常被派到预备队出战；2008-09赛季，埃尔南德斯整个赛季只打进了4粒进球。
2009年的春季联赛，埃尔南德斯仅出场17次便攻入11球，不仅稳固了自己瓜达拉哈拉队主力前锋的地位，还成为了球队的最佳射手；2010年，埃尔南德斯在墨西哥秋季联赛中又攻入10球，以21球的成绩成为整个2009-10赛季墨西哥甲级联赛的最佳射手。
埃尔南德斯为瓜达拉哈拉队效力四个赛季，出场75次，攻入29球，助攻11次。
彦一（2010年7月1日～2015年8月30日）
2010年4月9日，曼联官网宣布埃尔南德斯通过了球队的体检，双方就个人条款达成一致，转会费未公布。埃尔南德斯成为曼联历史上第一位墨西哥籍球员，这也是曼联2010年夏天的首笔签约。7月4日，曼联官方宣布埃尔南德斯获得英国政府颁发的劳工证，正式加盟曼联。此前，曼联已经拒绝了西甲球队瓦伦西亚租借埃尔南德斯的请求。8月8日，在曼联与切尔西的社区盾决赛中，埃尔南德斯首次代表曼联正式出场，下半场替补鲁尼出场；第76分钟，埃尔南德斯接到安东尼奥·瓦伦西亚的传球射门偏出，但皮球打在脸上弹入球门。这是埃尔南德斯为曼联打进的首粒正式比赛进球，并最终帮助曼联3-1击败切尔西夺得社区盾杯。9月，在曼联与瓦伦西亚的欧冠小组赛中，埃尔南德斯替补出场不久后接费德里科·马切达的传球，禁区内破门，打入职业生涯首粒欧冠进球。10月，在曼联与西布罗姆维奇的英超比赛中，埃尔南德斯打入个人英超处子球；在曼联与斯托克城的英超比赛中，埃尔南德斯连入两球，帮助曼联2-1击败对手，取得了曼联2010-11赛季联赛首场客场胜利；在对阵狼队的联赛杯比赛中，埃尔南德斯第83分钟替补出场，补时阶段打入绝杀球，帮助曼联3-2击败狼队。 2011年3月16日，在曼联与马赛的欧冠1/4决赛第二回合比赛中，埃尔南德斯梅开二度，帮助曼联以2-1的总比分晋级8强。5月8日，在曼联与切尔西的英超比赛中，埃尔南德斯开场仅36秒便接到朴智星的长传，突破了切赫把守的球门，帮助曼联2-1战胜切尔西，以6分的优势领先联赛，最终夺得俱乐部历史上第19个顶级联赛冠军。2010-11赛季，埃尔南德斯各项赛事出场45次，打进20球，成为在英超、足总杯、社区盾杯、联赛杯和欧冠赛场上均有进球的球员。他获得该赛季PFA年度最佳年轻球员提名，并被评为曼联年度最佳球员。
小豌豆在2011/12赛季初期遭遇伤病，在北美热身赛训练中受伤，休养了一个月。随后小豌豆在英超第三轮曼联与阿森纳的比赛中复出，复出后的第二场比赛，曼联在英超联赛中对阵博尔顿，小豌豆打进两球，帮助曼联5-0大胜对手。但在随后的联赛中，小豌豆在曼联对阵切尔西、斯托克城的比赛中，先后被对方防守队员弄伤，提前被替换下场，所幸伤势均力敌。2011年10月15日，曼联客场对阵死敌利物浦的比赛中，小豌豆在下半场第75分钟替补出场，上场5分钟后，他在禁区内觅得定位球机会，头球破门，帮助曼联在安菲尔德毫发无损地逃脱。这也是小豌豆第二次在安菲尔德进球。
2011年10月24日，曼联官网宣布与埃尔南德斯续约五年至2016年，周薪翻了三倍，据悉达到近8万英镑。而埃尔南德斯在续约仅四天后便表现出色，在曼联对阵埃弗顿的比赛中攻入致胜一球，以1-0的比分帮助曼联自2007年以来首次在古迪逊公园球场取得胜利。
2012/13赛季，由于范佩西的加盟，小豌豆的出场机会比之前少了，但他的效率依旧，进球数甚至超过了主力中场鲁尼。北京时间2012年10月24日，2012/13赛季欧冠小组赛第三场比赛在老特拉福德进行，小豌豆打进2球并攻入1个绝杀球，帮助曼联3比2战胜布拉加。2012年10月29日，英超第9轮的一场焦点战在斯坦福桥进行，小豌豆替补出场攻入1个绝杀球，帮助球队3比2战胜切尔西。 2012年11月11日，2012/13赛季英超联赛第11轮，替补出场的埃尔南德斯连进2球，为对手制造乌龙球并送出绝杀，帮助红魔3比0逆转维拉。
本赛季小豌豆已经在各项赛事中打入15粒进球，如此明星般的小豌豆怎能不让球迷疯狂呢？
埃尔南德斯共为曼联出场157次，打进59球，送出20次助攻，帮助曼联夺得两次英超联赛冠军和两次社区盾杯冠军。
(2014年9月1日~2015年6月30日) 租约
北京时间2014年9月1日，哈维尔·埃尔南德斯以租借形式加盟皇马一年。26岁的埃尔南德斯在转会曼联四年后进球率很高，但在弗格森和莫耶斯的麾下却无法保住首发位置，因此今年夏天他离开英格兰前往西班牙寻找新的机会。
北京时间9月20日晚22点，2014/15赛季西班牙足球甲级联赛第四轮，皇家马德里客场8比2战胜拉科鲁尼亚。比赛第77分钟，埃尔南德斯替补贝尔出场，为皇马完成西甲首秀。更重要的是，第88分钟，伊斯扬科禁区弧顶送出妙传，埃尔南德斯禁区左侧左脚劲射破门，7比2。这位墨西哥射手迅速攻入加盟皇马以来的首粒进球。下半场补时2分钟，第92分钟，埃尔南德斯禁区前接马塞洛传球，右脚劲射梅开二度，从替补出场到梅开二度仅用5分钟，体现出极高的进球效率。
北京时间2015年4月23日凌晨2点45分，2014/15赛季欧冠联赛1/4决赛次回合，皇家马德里主场1比0战胜十人作战的马德里竞技，两回合总比分1比0淘汰对手，连续第五个赛季晋级欧冠四强。图兰下半场被红牌罚下，C罗终场前助攻埃尔南德斯打进致胜一球。
第88分钟，哈梅斯·罗德里格斯直传，C罗内切禁区右侧将球传出，随后被米兰达拉拽，失去平衡。埃尔南德斯在点球点附近将球射入网窝。整个伯纳乌球场瞬间点燃，皇马球员也十分激动。埃尔南德斯躺在地上庆祝，起身后，他送出一个飞吻，点燃伯纳乌。
这也是埃尔南德斯时隔896天后首次在欧冠赛场上进球。他上一次在欧冠赛场上进球是在2012年11月7日曼联对阵布拉加的比赛中。在欧冠赛场上，埃尔南德斯已经打进8球，成为首位在欧冠赛场上进球的墨西哥球员。此外，他还是历史上第五位在欧冠赛场上同时为皇马和曼联进球的球员。此前四位分别是贝克汉姆、范尼、欧文和C罗。
赛后，阿斯称赞道：“埃尔南德斯的表现很精彩，这位墨西哥人今晚赢得了伯纳乌球迷的心。他在场上非常积极、积极，发挥了决定性的作用。他证明了皇马在本泽马不在的情况下仍然有生命力。他为每一球而战，最终打进了决定性的进球。”
皇马晋级后，埃尔南德斯流下了激动的眼泪，这一幕也被电视摄像机捕捉到了。赛后他表示：“这是马德里德比，欧冠联赛第十轮之后，两队的交锋对皇马来说并不好，大家都在共同战斗。我今天进了一球，但这个进球是属于大家的，球迷信任我，我的队友和我的家人也信任我……这个进球是献给所有人的。马竞是一个值得尊敬的对手，但感谢上帝，我们成为了一个公平的胜利者。半决赛的对手？要想夺得欧冠奖杯，就必须击败所有对手。”
最终，他在伯纳乌之旅中出场35次，打进9球，助攻9次，但这样的表现却没能让他留在银河战舰。
（2015年8月31日～2017年7月23日）
2015年9月1日，德甲俱乐部勒沃库森官方宣布与曼联就埃尔南德斯的转会达成一致，双方签订了一份为期3年的合同，该合同将于2018年6月30日到期。据此前德国媒体报道，埃尔南德斯的转会费为1240万欧元。
北京时间2015年9月12日，德甲联赛第4轮开战，勒沃库森主场0-1不敌升班马达姆施塔特。比赛第58分钟，勒沃库森做出绝杀之举，主帅施密特同时换下坎普尔和埃尔南德斯加强进攻，豌豆为新东家上演首秀。
北京时间9月17日凌晨，2015/16赛季欧冠联赛小组赛首轮比赛结束，E组勒沃库森4-1战胜鲍里索夫。比赛第58分钟，坎普尔突破传球，埃尔南德斯禁区右翼抽射破门，打入自己在新东家的首粒进球，帮助勒沃库森将领先优势扩大至3-1。
2015年12月31日，德甲联赛官方宣布，勒沃库森前锋埃尔南德斯当选12月德甲联赛月度最佳球员，这是埃尔南德斯连续第二个月当选德甲联赛月度最佳球员。
在曼联和皇马，埃尔南德斯还只是“超级替补”，但加盟勒沃库森后，他已蜕变成勒沃库森的顶梁柱。2015-16赛季，他在德甲联赛中打进17球，各项赛事打进26球，荣膺队内最佳射手。本赛季，这位墨西哥前锋延续了自己的进球状态，前5轮4次出场打进4球，场均贡献1球。
(2017年7月24日 ~ 2019年9月1日)
2017年7月25日，英超俱乐部西汉姆联官方宣布，以1600万英镑的转会费和3年的合同从勒沃库森签下墨西哥前锋埃尔南德斯。
(2019年9月2日～2020年1月20日)
2019/20赛季，2019年9月2日，哈维尔·埃尔南德斯与西甲塞维利亚队签约，转会费为698万英镑。
(2020年1月21日 ~ 2021年6月30日)
2019/20赛季，2020年1月21日，哈维尔·埃尔南德斯以769万英镑的转会费与美国职业足球大联盟洛杉矶银河队签约。
